Pemeliharaan larva baik larva ikan maupun udang adalah masa-masa kritis yang perlu perhatian khusus agar dapat berhasil mendapatkan benih yang siap ditebar di bak-bak pembesaran maupun di tambak. Tingginya mortalitas larva selain disebabkan oleh penyakit dan hama, dapat juga terjadi karena terbatasnya ketersediaan pakan yang cocok bagi larva ikan. Pada fase larva, ikan baru saja melepaskan ketergantungannya pada kuning telur sebagai sumber energinya.

Pakan yang diberikan pada fase larva adalah pakan alami. Karena pakan alami adalah pakan hidup sehingga pemberiannya tidak menurunkan kualitas air. Dan pakan alami dari jenis zooplankton sifatnya selalu bergerak sehingga menarik nafsu makan ikan.

Balai Budidaya Air Payau Situbondo selain mempunyai Laboratorium Nutrisi dan Teknologi Pakan juga memiliki laboratorium khusus untuk pakan alami. Di laboratorium ini telah berhasil mengisolasi 25 jenis plankton yang sangat ekonomis baik untuk keperluan akuakultur maupun industry dan tersimpan serta terjaga kemurniannya. Jenis-jenis phytoplankton tersebut adalah : Chlorella (nannochloropsis), Tetraselmis cuii, T.tetratele, Spirulina sp, Dunaliella sp, Chaetoceros ceratos, C. calcitrans, C. gracilis,Skeletonema sp,Navicula sp, Amphora sp, Nitszchia sp, Scenedesmus sp, Thallasiosira sp, Cyclotella sp, Isochrysis galbana, I. tahiti, Pavlova lutherii, Phaeodactylum sp, Phorpyridium sp, Spirulina air tawar, Rhodomonas, Chlorella air tawar, Mycrocystis, Melosira dan Marine yeast.

Selain kegiatan produksi dan pemeliharaan berbagai jenis plankton, juga dilakukan inovasi-inovasi tenkologi yang bertujuan untuk meningkatkan baik kualitas maupun kuantitas produksi plankton. Balai Budidaya Air Payau Situbondo telah mendesain suatu alat atau sistem kultur plankton yang memungkinkan untuk kultur rotifer dengan sistem intensif. Dilakukan juga inovasi untuk enrichment pakan alami sebelum diberikan pada larva. Disamping itu juga telah berhasil membuat tepung berbagai phytoplankton yang sangat baik unutuk pakan rotifer dan larva ikan serta ke depan untuk memenuhi kebutuhan industry baik industry kesehatan maupun industri lainnya. Pelayanan laboratorium pakan alami kepada masyarakat secara luas dan khususnya masyarakat minapolitan telah dilakukan seperti penerimaan sampel untuk identifikasi plankton dan pendugaan kesuburan perairan, permintaan bibit murni dan massal untuk pakan bagi pengusaha hatchery maupun tambak, jumlah sampel yang diterima rata-rata perbulan mencapai 150 buah, dan volume plankton yang didistribusikan ke masyarakat perbulan mencapai 5700 -10.000 liter. Masyarakat yang memanfaatkan kultur murni berasal dari daerah Jawa Timur, Jawa Tengah, Jawa Barat, Bontang, Bali, Sulawesi Selatan, NTB, NTT, Sumatera Barat, Sumatera Utara dan lain-lain.