Balai Perikanan Budidaya Air Payau Situbondo merupakan Unit Pelaksana Teknis (UPT) Direktorat Jenderal Perikanan Budidadaya sesuai Peraturan Menteri Kelautan No.6 tahun 2014 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Perikanan Budidaya Air Tawar, Perikanan Budidaya Air Payau dan Perikanan Budidaya Laut,  yang salah satunya merupakan perubahan Nomenklatur dari Balai Budidaya Air Payau (BBAP) menjadi Balai Perikanan Budidaya Air Payau (BPBAP).

Balai Perikanan Budidaya Air Payau Situbondo telah berpengalaman melakukan berbagai kegiatan strategis dalam rangka mendukung pengembangan budidaya air payau sejak tahun 1995. Kegiatan rekayasa teknologi, kegiatan bimbingan dan pendampingan teknologi ke masyarakat pembudidaya, produksi induk dan benih udang/ikan, produksi pakan alami, produksi pakan buatan, kultur jaringan rumput laut, penyebaran informasi dan publikasi, pengawasan pembudidayaan ikan, pemantauan kesehatan ikan dan lingkungan, pelayanan pengujian laboratorium, dan uji kompetensi sumber daya manusia.